然而，辩诉交易遭到受害者和人权活动家的批评，他们指出，司法记录中遗漏了某些事实，或者在指控改变后存在有罪不罚的现象。前南斯拉夫国际刑事法庭的实践就是一个例子。在普拉夫西奇案中，波斯尼亚和黑塞哥维那塞尔维亚共和国前领导人与检方达成协议后被定罪，该协议将对她的指控的法律定性从种族灭绝改为反人类罪。更令人震惊的是，普拉夫西奇一被判刑就撤回了她在辩诉交易中表达的悔意（见Combs ）。此外，在特设法庭进行的辩诉交易中，受害者的参与很少，受害者对此感到不满，因为他们的角色通常仅限于证人（如果有的话），从而抑制了他们在审判中的声音、关切和利益。（见麦克莱利案）
尽管人们对特设法庭的辩诉交易的看法褒贬不一，但该做法已被写入《罗马规约》第 65(5) 条。尽管受到严格的司法审查程序等限制，但该条款允许检察官办公室 (OTP) 与辩方就认罪问题进行谈判。重要的是，2020 年，检察官办公室发布了辩诉交易指南（之前在此处评论过），概述了其对此类讨论的态度。其他国际和国际化法院和法庭也纳入了辩诉交易或类似机制的规定（参见 Gregoire对 KSC 的分析）。
对于涉嫌犯下国际罪行的罪犯，JEP 的程序系统可以归纳为 卢森堡 WhatsApp 号码 两条主要途径：（i）那些出现在真相与责任认定小组（以下简称“小组”）面前的人可以参与 JEP 开展的真相调查过程，参与受害者、民间社会和国家行为者（如总检察长）之间的对话过程。这一过程最终会得出一项决议，其中包含被告所犯下的罪行，被告可能对这些行为负责，从而受到特别制裁；或（ii）被告可以选择不参与真相调查过程或拒绝对所指控的行为负责，在这种情况下，他们将面临全面刑事审判，可能被判处最高 20 年监禁。
JEP 的设计涉及以特别制裁的形式换取宽大量刑，而不承认事实或个人责任将导致肇事者受到审判并可能被定罪，正如人们通常所理解的那样。这种模式不仅反映了哥伦比亚以前的过渡司法实践，例如 2005 年《正义与和平法案》（关于正义与和平，见Gomez Pardo），也符合辩诉交易的性质和目的。